一、荧光定量PCR检测血清HBV DNA910例临床分析(论文文献综述)
刘贺[1](2020)在《青藏高原藏族人群乙型肝炎病毒全基因组突变分析及时空动力学研究》文中进行了进一步梳理目的:分析乙型肝炎病毒(HBV)CD重组体的遗传变异情况;探寻藏族人群HBV感染者血清中表面抗原(HBsAg)和抗表面抗原抗体(HBsAb)双阳性发生率及原因;分析HBV/CD重组体的时空动态传播过程和进化遗传学特征(包括基因序列起源、核苷酸替换率和居群动力学等)。方法:利用多阶段随机抽样的方法,在西藏自治区和青海省海南州进行社区藏族人群血清样本采集,西藏七个地市中共收集HBsAg阳性血清样本852例,青海省收集HBsAg 阳性血清样本411例。按照采样地区藏族人群人口分布情况,选取具有代表性的血清样本进行DNA提取,分别对HBV全长和BCP区采用巢式PCR方法进行扩增、测序和拼接,以获得HBV全序列。对获得的全序列进行重组分析,对不同重组型的基线情况、遗传变异、血清型进行比较;对重组体内不同基因型片段进行系统发育分析。以青藏高原藏族人群HBsAg和HBsAb双阳性血清样本做为观察组,并以1:4配比选择年龄、性别、病毒DNA水平和HBeAg状态同质的HBsAg 阳性/HBsAb阴性血清样本作为对照组,对两组间基因序列S区、PreS区氨基酸突变率、缺失和全基因组核苷酸突变位点分布情况进行比较。使用自NCBI中检索、收集的HBV C2亚基因型、D基因型和CD重组体全长序列,合并本研究中获得的185株全长序列,构建数据库。使用BEAST软件包对CD重组体中的D基因型片段和D1-5亚基因型;CD重组体中的C基因型片段和C2亚基因型分别进行系统发生生物地理学分析。同时,对CD1和CD2全长序列单独进行溯祖分析,并使用贝叶斯skyline重建方法推断种群数量的历史变化。结果:共获得185条HBV全长序列,其基因分型主要为CD重组基因型(181/185,97.84%),包括:132株CD1型,其nt10-799为D基因型,其余部分为C基因型;49株CD2型,其nt10-1499为D基因型,其余部分为C基因型;除CD重组型,还获得了 4株C2亚基因型序列。185株测序样本中,HBeAg阳性组的病毒DNA水平高于HBeAg阴性组(P=0.001);HBeAg阴性组年龄高于HBeAg阳性组(P=0.006)。CD1和CD2的C基因型区域均与C2亚基因型最为接近;CD重组体的D基因型段(nt10-799)与D4亚基因型最为接近,而CD2型nt800-1499序列在系统发育树中与D1-D3更为接近。CD2型重组体主要分布于与印度接壤的山南地区和日喀则市(P=0)。CD重组体在S区氨基酸aa76、aa120和aa129与D基因型存在差异。HBV/CD重组体的主要血清学型为ayw2型(175/181,96.7%)。与CD1型相比,CD2型存在较多的S207N突变。HBV/CD重组体的T1762/A1764双突变发生率低于C基因型,与D基因型接近。HBV/CD病毒株的 G1896A(11.1%vs 25.6%)和A2189C(11.1%vs 50.0%)突变频率低于 C2基因型,G1613A(8.9%vs 10.3%)突变水平与C2基因型相近。青藏高原1263份HBsAg阳性样本的双阳性率为2.14%(27/1263)。在S蛋白全长、N端,MHR(aa100-169),“a”决定簇(aa124-147),茎环结构第一环(aa124-137),第二环(aa139-147)和C端的氨基酸突变率,双阳性组均显着高于对照组;双阳性组中PreS区缺失显着高于对照组(以上结果中,均为P<0.001)。PreSI和PreS2氨基酸突变率在两组间无显着性差异(P=0.19;P=0.89)。PreC/C区C2002T、A2159G、A2189C、C2198A在两组间的分布均存在显着差异。双阳性组和对照组的核苷酸点突变比较,PreS/S区C3189A和T825C、P区C930A在两组间分布存在显着性差异。其中,PreS区C129T(S155L)仅存在于对照组;PreS区C3189A(D103E)和S区T825C(V224A)突变仅存在于双阳性组。HBVD基因型和CD重组体中的D型区域(nt10-799)可溯祖至271年前(95%HPD 138-477)的亚洲南部,其平均进化速率约为1.26×104(95%HPD 5.92×10-5-1.93×10-4)/位点/年。D4亚基因型是CD1和CD2中最为接近的分支,于1850年左右(95%HPD 1743-1934)进入青藏高原;1911年左右(95%HPD 1845-1971)分化为CD1和CD2内相应片段。CD1型较CD2型出现更早,表明先形成D基因型区段为nt10-799的CD1,后续形成D基因型区段为10-1499的CD2。HBV/CD1和HBV/CD2重组体分别形成三个独立的进化群。HBV/CD1重组体自1980年代开始至2000年,其种群大小保持稳定;HBV/CD2重组体自1997年首次报道以来,其种群大小经过短暂上升之后,随即出现了明显的下降趋势。全球C2亚型片段的传播最先起源于亚洲东部,首先传播到中国西北和亚洲北部,随后东亚分离株又进一步播散到美洲。结论:HBV/CD重组体是高原地区流行的主要基因型。HBeAg阴性组患者体内重组体DNA水平更高,病毒复制速度较快,病情处于进展期。年龄增长是导致HBeAg在感染HBV/CD的藏族人群血清中发生转阴的主要原因。HBV/CD1重组来源为D4和C2亚基因型;HBV/CD2可能经过重组来源为D1-3、D4和C2亚基因型的多次重组。基于各基因型的地理分布,形成CD重组体的主要重组来源可能为中国(C2亚基因型)和印度(D4亚基因型)。与D基因型相比,HBV/CD重组体的主要血清型无明显变化。HBV/CD重组体感染者均在高海拔地区生活,造成这种现象的可能原因是高原居民具有相近的遗传背景特征或长期的高海拔生活导致其具有相同或相似的生活习惯。青藏高原HBV表面抗原阳性人群中HBsAg和HBsAb双阳性的发生率接近大多数不同基因型的既往研究结果。与对照组相比,双阳性组的氨基酸突变率在S区全长及其内的各个区段均显着增加。S区高突并不是血清双阳性病的充分必要条件,并不能完全解释HBsAg/HBsAb共存现象,PreS区的改变可能是导致HBsAg/HBsAb双阳性的因素之一。S区T825C(V224A)、PreS区C3189A(D103E)仅存在于双阳性组中,这些氨基酸变异导致蛋白结构发生变化,可能是双阳性发生的重要条件。HBVD基因型最可能的起源地是南亚地区。D基因型原型株在18世纪中叶逐步从印度传播到中亚进而传播到欧洲、地中海地区和非洲。在此过程中,19世纪中叶先后分化出D1、D3和D2亚基因型。同时19世纪中叶自印度向东北方向传播,逐步形成D4亚基因型并在1910年左右进入青藏高原及周边地区与C2型发生重组,这与英军两次入侵西藏时间相吻合。欧洲主要HBV D亚型的传播可追溯到二十世纪早期,包括第一次世界大战特别是第二次世界大战在内的一段时期。此过程可能与战争中产生的创伤、输血和疫苗注射,以及有组织的大规模人口迁移导致HBV的快速传播和演化有关。C2基因型向美洲等地的播散则与亚洲在二十世纪八九十年代的欧美移民潮有关,随着大量东亚地区亚裔人口向欧美等发达国家移民导致C2亚基因型的世界范围传播。
刘莹[2](2020)在《云南地区少数民族中HBV的流行和HBV pgRNA检测方法的建立与评价》文中研究表明乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)属嗜肝DNA病毒科,是一种带有包膜的小型环状部分双链(ds)DNA病毒。HBV感染是导致慢性乙型肝炎(CHB)、肝衰竭、肝硬化和肝细胞癌(HCC)的主要致病因素,对人类的健康造成很大威胁。由于不同基因型和亚型对乙肝患者存在致病性和治疗效果的差异,云南具有独特的地理位置和多民族聚集的地域特征,针对云南少数民族人群开展HBV的分子流行病学研究为乙型肝炎的治疗和控制具有重要意义。此外,近期研究发现HBV Pg RNA是HBV ccc DNA的直接转录产物,能够通过反映HBV ccc DNA的转录活动状态进而反映慢性乙型肝炎病情进展,从而指导临床治疗和判断预后。然而,目前针对HBV pg RNA的检测方法研究较少且该方法还未推广应用到临床。基于此本论文针对云南地区八个少数民族的普通人群进行了HBV流行病学调查并建立了HBV pg RNA的检测方法以及该方法的评价。首先,针对普通人群我们采集了云南地区五个少数民族(佤族、布朗族、哈尼族、纳西族、普米族)共计2696例血浆样本,利用Elisa方法检测发现,HBs Ag总体阳性率为7.6%(204/2696),其中普米族感染率最高为15.4%(58/376)、哈尼族7.6%(37/487)、佤族7.4%(66/896)、布朗族5.4%(25/464)、纳西族4.9%(23/473)。针对204例HBs Ag阳性样本,我们利用HBV S基因进行基因型和亚型分析,结果显示该人群中HBV亚型分布为B2(48.6%)、C1(34.2%)、B4(13.9%)、C2(0.7%)、C5(0.7%)、和4.9%(10例)未确定基因亚型。为了进一步比较不同少数民族中HBV亚型分布差异,我们还收集了206例包括三个民族(傣族、彝族和汉族)乙肝肝病血液样本,经基因亚型分析显示,该人群中HBV亚型分布为B2(29.6%)、C1(29.1%)、C2(23.3%)、B1(0.5%)、B4(0.5%)以及35个未分型样本。经统计分析发现,哈尼族以B2(75%)为主,普米族以B2(38.6%)和C1(43.9%)亚型为主,纳西族以C1(47.1%)亚型为主,彝族以基因型B2(32.69%)和基因型C1占(38.46%)亚型为主,傣族以基因型C1(67.35%)为主,汉族以基因型B2(30.48%)和C2(36.19%)为主。其次,为了进一步分析上述45例未分型样本的基因特征,我们进行了HBV全基因组序列的扩增,其中我们成功获得了39例HBV全基因序列,经序列分析发现8例属于B/C重组,1例B/I重组。7例属于潜在B新亚型,6例属于C型新亚型,其余16例属于不同亚型。为了进一步命名这些新的HBV亚型,基于HBV全基因组序列我们分别进行了HBV遗传距离分析、同源关系进化树分析、基因重组分析、以及特异性氨基酸突变分析,分析发现这些样本符合HBV基因亚型的命名规则,因此我们将它们命名为B10和C17亚型。最后,我们针对HBV Pg RNA5’和3’端序列的特征,分别建立了两种HBV Pg RNA荧光定量PCR检测方法,经特异性、灵敏性、重复性分析发现针对HBV5’端序列建立的Pg RNA的检测方法特异性更好、灵敏度更高。此外,我们选择了40例临床HBV样本就我们建立的HBV Pg RNA检测方法进行评价,结果显示,慢乙肝样本中HBV Pg RNA含量明显高于乙肝肝癌样本,该结果与临床表现相符与相关文献报道一致,该结果表明我们建立的HBV Pg RNA的方法具有潜在的临床应用价值。综上所述,本研究阐明了HBV在云南地区八个民族中基因型和亚型的分布情况并比较了不同民族之间基因型的差异,揭示了云南地区不同民族HBV基因型的复杂性和多样性。同时我们还建立和评价了两种HBV pg RNA荧光定量的检测方法,为今后HBV的研究提供了重要的理论依据,同时也为临床样本的诊断提供了一种更加方便、灵敏的检测方法。
董冲[3](2020)在《应用HBcAb阳性供肝的儿童肝移植受者术后新发乙肝风险及预防方案的研究》文中研究表明目的:研究乙肝病毒核心抗体(HBcAb)阳性供肝应用于儿童肝移植受者的危险因素及探讨乙肝疫苗主动免疫预防术后新发乙肝(HBV)的疗效及影响因素。方法:1、对天津市第一中心医院自2012年8月至2014年11月150例儿童亲体肝移植的供受者资料进行回顾性分析,依据供者血清HBcAb检测结果分为HBcAb阳性组和HBcAb阴性组,对两组儿童受者的新发HBV感染情况以及临床资料进行比较分析。根据肝移植术后是否有新发HBV感染分为新发HBV组及非新发HBV组,统计分析两组供者性别、血清HBcAb检测结果、供肝组织共价闭合环状脱氧核糖核酸(HBV cccDNA)检测结果、受者手术时间、术中失血量、术中输注红细胞量、术中输注血浆量、术中输液总量、供者年龄、供者体重、移植物重量方面的差异。2、对天津市第一中心医院自2016年9月至2018年9月139例接受强化乙肝疫苗免疫方案预防HBcAb阳性供肝术后新发HBV感染的儿童肝移植受者进行前瞻性研究,根据肝移植术后是否有新发HBV分为新发HBV组及非新发HBV组,比较两组间供者和受者的特征、手术信息以及移植物和受者的情况,应用单变量和多变量分析确定乙肝疫苗预防治疗后新发HBV感染的危险因素,并根据术后3个月内乙肝表面抗体滴度变化进行分组,分为:A组HBs Ab滴度>1000IU/L;B组HBs Ab滴度200-1000IU/L;C组HBs Ab滴度<200IU/L,观察影响抗体滴度变化的因素。3、儿童受者疫苗反应的强度根据受者术前使用乙肝疫苗支数分为强反应组(≤3支),中反应组(4~6支),弱反应组(>6支),分别在应用疫苗前、疫苗后1周和疫苗后2周,利用流式细胞术检测外周血各淋巴细胞比例及逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)法检测NK细胞分泌穿孔素和颗粒酶B的差异;酶联免疫吸附测定(ELISA)法检测外周血细胞因子γ干扰素(IFN-γ)和白介素2(IL-2)分泌动态变化;免疫印迹试验(Western blot)和RT-PCR法检测NK细胞Toll样受体3(TLR3)、Toll样受体9(TLR9)和视黄酸诱导基因蛋白I(RIG-I)蛋白表达及信使核糖核酸(mRNA)转录水平,明确其与乙肝疫苗反应性的差异。结果:1.符合入组条件的儿童受者共125例,中位随访时间为8个月(3~31个月),包括供者血清HBcAb阳性组47例和供者血清HBcAb阴性组78例,两组的新发HBV感染例数分别为8例(17.02%)和1例(1.28%),差异有统计意义(P<0.05);余临床资料差异均无统计学意义。所有供肝组织中共检出HBV cccDNA阳性者11例,检出率为8.8%,其中供者血清HBcAb阳性组供肝组织中HBV cccDNA阳性者10例,占比21.3%,供者血清HBcAb阴性组检出1例,占比1.3%,差异有统计学意义(P<0.05);11例接受HBV cccDNA阳性供肝的儿童移植术后新发HBV感染者4例,感染率36.4%,其余114例接受HBV cccDNA阴性供肝的儿童移植术后新发HBV感染者5例,感染率4.4%,差异有统计学意义(P<0.05)。新发HBV组供者血清HBcAb(+)和供肝组织HBV cccDNA(+)例数高于非新发HBV组,差异有统计学意义(P<0.001)。供者血清HBcAb(+)与供肝组织HBV cccDNA(+)两者之间具有相关性。2.受者中位随访时间为23.5±15.7月,有5例(3.6%)出现新发HBV感染,肝移植术后新发HBV感染的平均时间为11.6个月(6~18个月)。随访期间,与新发HBV感染的受者相比,新发HBV感染的移植物和受者均存活。多因素逻辑回归分析受者术前抗体滴度<1000 IU/L,移植物HBV-DNA>1000copies、术后3个月HBs Ab下降速度和术中血浆用量大于400 ml是影响乙肝疫苗主动免疫方案效果的主要因素;术后3个月内乙肝表面抗体滴度变化与术中血浆的用量相关。3.研究发现在应用乙肝疫苗一周后,强反应组外周血NK细胞的比例及NK细胞分泌穿孔素和颗粒酶B的能力、血清中细胞因子IL-2和IFN-γ含量、NK细胞中TLR3、TLR9和RIG-I蛋白及mRNA的表达均较中反应组和弱反应组明显增高(P<0.05);应用乙肝疫苗两周后,与中反应组和强反应组相比,弱反应组外周血NK细胞的比例及NK细胞分泌穿孔素和颗粒酶B的能力、血清中细胞因子IL-2和IFN-γ含量、NK细胞中TLR3、TLR9和RIG-I蛋白及mRNA的表达仍然明显偏低(P<0.05)。结论:1.供者血清HBcAb(+)是儿童肝移植术后新发HBV感染的危险因素,与供肝组织HBV cccDNA(+)相关,故应用HBcAb(+)供肝需要给予合适的预防治疗;2.乙肝疫苗主动免疫治疗方案能够有效地预防HBcAb阳性供肝儿童肝移植术后新发HBV感染,术前快速使HBs Ab滴度达到1000 IU/L以上是降低术后新发HBV的关键因素;3.影响儿童受者乙肝疫苗反应强度的因素与受者NK细胞的比例和功能密切相关,其机制可能是TLR3、TLR9及RIG-I相关的天然免疫模式识别受体信号通路。
巫智勇[4](2020)在《国产试剂与Roche试剂HBV DNA荧光定量PCR检测方法的精度比较》文中提出目的:了解Roche公司Cobas PCR试剂与国产HBV荧光定量PCR试剂对HBV DNA检测的差异性,以更好地指导抗病毒治疗。方法:收集安医大一附院2019年3月至2019年6月期间门诊和住院的未经和已经进行核苷类药物治疗的慢性乙型肝炎或乙型肝炎肝硬化患者的血清70份,采用相关性分析来评价Cobas检测和国产检测对不同HBV DNA载量标本的精确性。HBV DNA定量检测:HBV DNA分别用Cobas定量试剂(Roche)和上海之江生物科技股份有限公司试剂(ZJ)进行检测。扩增反应分别在Cobas Taq Man 48 PCR仪和美国Applied Biosystem公司生产的ABI 7500基因扩增仪进行。同一份标本采用2种试剂进行平行检测,具体操作和结果判定参照试剂盒说明进行。结果:1.上海之江生物科技股份有限公司生产的试剂ZJ试剂检测结果与Roche检测结果的总体相关系数r=0.612,P=0.004,说明两者之间存在显着的线性相关。2.国产试剂对于病毒载量低于106 copy/ml的标本检测结果的问题突出体现在三个方面:1)检测结果准确性差;2)相当比例的标本国产试剂出现检测值≤1000copy/ml,病毒载量越低,出现检测值低于下限的比例越高。3)病毒载量低于106 copy/ml的标本,国产试剂检测结果的重复性差,同一标本不同批次的检测结果可以相差1个数量级。在103<HBV DNA≤106范围内,P值大于0.05,提示两种检验方法间不存在显着相关性,在HBV DNA>107copy/ml范围以上,两种检验方法间存在显着的线性相关。3.ZJ试剂检测结果≤1000copy/ml而Roche检测结果>1000copy/ml的,即ZJ试剂检测结果呈假阴性的标本有16例,占37.2%。结论:1.国产试剂与Roche试剂具有较好的相关性,表明国产试剂总体来说反映了标本中的病毒载量水平,可以用于常规检测。国产试剂与Roche试剂在病毒载量高于107 copy/ml以上时具有较好的相关性,在病毒载量低于≤106 copy/ml范围内的检测精度相关性差。2.血清HBV DNA高滴度或低滴度持续存在是乙型肝炎病情进展和肝癌发生的危险因素,血清HBV DNA的高精度检测至关重要,建议对于HBV DNA低于106 copy/ml的标本,尤其是经过抗病毒治疗后国产检测低于检测下限的,应当使用用Cobas高精度病毒载量检测系统进行检测或复测,尽量避免假阴性结果而延误患者病情。
王珊[5](2019)在《基于CRISPR技术的乙肝病毒DNA及YMDD耐药突变高灵敏检测技术研究》文中进行了进一步梳理慢性乙型肝炎(以下简称乙肝)是目前最突出的全球性公共卫生问题之一,严重威胁人类健康。尽管近些年乙肝疫苗的使用有效降低了乙肝的发病率,每年仍有1-3千万人感染乙肝病毒(Hepatitis B virus,HBV),约有1百万人死于HBV感染及其并发症。为了有效地控制HBV的传播,确保HBV感染者得到及时的治疗,对HBV的高效检测尤为重要。而针对HBV DNA的核酸检测技术由于其具有灵敏度高、特异性强等优势,已广泛应用于乙肝的诊断、监测、预后评价和输血筛查等方面。然而,目前临床上仍有部分HBV感染者体内存在现有方法难以检出的低浓度HBV DNA,这不仅增加了由此引发的慢性肝炎、肝硬化和原发性肝癌的发病风险,还可能造成输血以及肝移植过程中的HBV感染。此外,对乙肝病毒耐药突变的检测和监测可预防由此引发的抗病毒治疗失败。但由于“准种”的存在,部分患者体内存在难以检出的极低含量的HBV耐药突变株,在某种情况下,如肝移植、丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)合并感染等,这些未检出的低含量HBV耐药突变株,可能带来严重的临床后果(如HBV感染、肝衰竭等)。因此,研发一种高灵敏度的HBV DNA和耐药突变检测技术对乙肝的防治具有重大现实意义。近年来,新的RNA靶向系统CRISPR-Cas13a已被开发为一种可检测痕量核酸的高灵敏、高特异检测技术,通过结合RPA等温扩增技术可实现对单拷贝核酸和单碱基突变的准确检测和鉴定。相比检测成本高、稳定性差的等温扩增技术,基于PCR技术的核酸检测方法具有更高的临床实用性。因此,在本研究中,我们首次基于PCR扩增技术和CRISPR-Cas13a系统建立了针对HBV DNA及耐药突变的高灵敏、高特异核酸检测技术(PCR-CRISPR),可实现对低至单拷贝HBV DNA的高灵敏检测。通过临床样本的验证,该方法对HBV DNA的检测灵敏度高于qPCR,达到甚至超过了数字PCR(ddPCR)的检测灵敏度。同时,我们还基于上述方法建立了针对乙肝YMDD耐药突变的高灵敏检测技术,可以特异性地检测出低至单拷贝耐药突变株,并在极低病毒载量临床样本中,鉴定出了qPCR无法检出的YMDD耐药突变株。1.建立基于PCR-CRISPR技术的高灵敏度HBV DNA检测方法通过LwCas13a蛋白的诱导表达、纯化及活性鉴定,获得了具有良好RNA酶活性的LwCas13a蛋白,纯度可达96%;通过比对不同基因型HBV聚合酶区(P区)的基因序列,我们在保守区设计并筛选出可以高效检测HBV DNA的crRNA。建立了基于PCR扩增、转录、crRNA识别及LwCas13a激活、报告RNA剪切及荧光检测的新型核酸检测技术:PCR-CRISPR。并实现了对低至单拷贝HBV DNA的高灵敏检测。2.利用PCR-CRISPR技术检测血清样本中HBV DNA我们利用PCR-CRISPR方法对32份已知血清样本进行HBV DNA的检测,检测结果(16份阴性,16份阳性)与qPCR一致。通过对280份未知血清样本的检测,进一步探索了该方法对临床样本HBV DNA检测的敏感度和特异性。检测结果显示,90份qPCR检测为HBV DNA阳性的血清样本和180份qPCR检测阴性的血清样本均被PCR-CRISPR成功检出。同时,对于10例qPCR判定为阴性的血清样本,PCR-CRISPR方法和ddPCR均检测出了痕量的HBV DNA(浓度约1.2-5.4拷贝/反应)。随后,我们利用PCR-CRISPR方法和ddPCR对该10例痕量样本分别进行了10次重复检测,结果显示PCR-CRISPR平均检出次数为7次,而ddPCR平均检出次数为3次。通过查阅患者的临床信息我们发现,其中6例患者存在慢性乙肝病史,2例显示为HBV感染者。以上结果表明,新建立的PCR-CRISPR方法对HBV DNA检测的灵敏度明显高于qPCR,达到甚至高于ddPCR的检测灵敏度。3.建立基于PCR-CRISPR技术的乙肝病毒YMDD耐药突变检测方法通过对HBV YMDD区序列的保守性分析,我们设计并筛选了分别针对YVDD和YIDD耐药突变的crRNAs并建立了针对上述两种耐药突变的PCR-CRISPR检测方法。该技术可在PCR扩增后10 min内检测出低至单个拷贝的YVDD突变株,和100个拷贝的YIDD耐药突变株。该方法还可以通过荧光强度有效区分1 copy的YVDD突变株与106 copy的野生株。在本部分研究表明,新建立的PCR-CRISPR乙肝病毒YMDD耐药突变检测方法,可以实现对乙肝YMDD耐药突变株的快速、高灵敏检测。4.利用PCR-CRISPR技术检测血清样本中乙肝病毒YMDD耐药突变利用qPCR、直接测序法和PCR-CRISPR方法,我们对424份血清样本进行了YMDD耐药突变的检测,结果显示,3种方法均检测出了27例血清样本(HBV DNA>100 IU/mL)中的YMDD耐药突变(5例YVDD和22例YIDD);此外,qPCR和PCR-CRISPR 2种方法均检出了18例直接测序法未检出的YMDD耐药突变(5份YVDD和13份YIDD);值得一提的是,PCR-CRISPR方法还在12例HBV DNA浓度低于100 IU/mL的血清样本中,检测出了qPCR和直接测序法均未检出的YMDD耐药突变(4例YVDD和8例YIDD)。以上结果表明,该技术可用于血清样本中YMDD耐药突变株的高灵敏检测,尤其适用于对低浓度HBV DNA血清样本中耐药突变的检测。综上,本研究首次将PCR扩增技术和CRISPR-Cas13a检测技术结合,建立了基于PCR-CRISPR技术的乙肝病毒DNA和YMDD耐药突变的高灵敏度、高特异性的检测方法。该方法可以用于对血清中低浓度HBV DNA的高灵敏检测,对降低输血和肝移植中HBV感染的风险、减少抗病毒治疗停药后的乙肝复发率,制定合适的抗病毒治疗方案具有重大临床意义。此外,本研究也为将该方法用于对其它病原的高灵敏高特异核酸检测奠定了理论和技术基础。
邵可可[6](2017)在《乳液PCR技术在构建ssDNA文库和P16基因甲基化、HBV DNA检测中的初步应用》文中研究表明乳液PCR是单分子PCR技术,通过油相的阻隔,把水相间隔成数目庞大的小水滴,这些小水滴构成了独立的PCR反应空间,最理想的状态下每个小水滴中只含有1个DNA模板,此时小水滴中的PCR反应不会受到竞争干扰。乳液PCR的优点是:(1)抗干扰能力强;(2)能消除竞争抑制;(3)高通量和高效率;(4)灵敏度高;(5)绝对定量。本课题利用乳液PCR的特点,建立了高效构建次级ssDNA文库的乳液不对称PCR和乳液单引物PCR方法。同时还建立了用于临床检验诊断的高灵敏度的两步乳液PCR法,并用初步应用到结直肠癌患者血清游离P16基因甲基化水平和乙型肝炎患者血清中乙型肝炎病毒核酸的检测中。第一部分建立和优化乳液不对称PCR高效构建随机ssDNA文库目的:建立并优化乳液不对称PCR来构建ssDNA次级文库。方法:乳液不对称PCR通过乳液颗粒把不同种类的模板隔开形成单分子PCR,每个模板分开扩增互不影响,不会形成非特异性杂交。以ssDNA文库为模板的乳液不对称 PCR 100μl 体系含 50 mmol/L KC1、10 mmol/L Tris-HCl (pH 8.6),2.5mmol/LMgC12、0.5mmol/LdNTP、0.4 μmol/L 上游引物、0.02μmol/L下游引物、0.04μg/mL模板和0.1U/μLpfuDNA聚合酶。优化实验时,模板浓度优化范围从0.0004 μg/mL到40 μg/mL ,上游引物浓度从0.2 μmol/L到1μmol/L,下游引物浓度从0.0025 μmol/L到0.02μmol/L。扩增反应条件为94℃变性30 s,然后进入35个循环94 ℃变性40 s、60 ℃退火30 s、72 ℃延伸30 s,最后延伸3 min。优化循环数从10到50个循环。扩增结束破乳液回收产物,并进行聚丙烯酰氨凝胶电泳和银染,对产物进行分析。对破乳液回收产物同时进行纯化回收,并用磁珠分离出ssDNA文库,检测浓度。同时对乳液不对称PCR与常规不对称PCR进行对比研究。结果:常规不对称PCR扩增ssDNA文库,在25个循环即有明显副产物出现,30个循环时出现明显的涂抹带,25个循环后dsDNA产物量随着循环数的增加逐渐减弱,只至消失,后期不对称PCR扩增无模板可用,只有非特异性扩增,只产生非特异性产物。因为25个循环即有明显副产物出现,用磁珠分离的ssDNA文库不纯,因此只分离检测10、15和20个循环时的浓度,分别为0.76,1.43和2.02 μg/mL。乳液不对称PCR在从10到50个循环中均无副产物,只有ssDNA条带和dsDNA条带,且dsDNA条带无明显减少,磁珠分离10、15、20、25、30、35、40、45和50循环数的产物浓度分别为0.58、1.22、1.78、2.25、3.21、4.32、6.43、6.71和6.55μg/mL产物量明显多于常规不对称PCR。在优化乳液不对称PCR时,首先优化模板浓度。当模板浓度从0.0004μg/mL到0.04 μg/mL时产物量随模板浓度增高而增多,再增加模板浓度产物量无明显变化,当模板浓度为4 μg/mL时,副产物与产物呈涂抹带,无法分离。模板浓度为0.04~0.4μg/mL时,无肉眼可见副产物,ssDNA产物量也足够多,在模板浓度为0.4 μg/mL时,dsDNA浓度明显下降。因此模板浓度在0.04μg/mL到0.4 μg/mL范围内均可。在优化引物浓度时,不仅优化了上下游引物浓度比,还优化了上下游引物的量。不对称PCR的产物是ssDNA,因此当引物浓度过高时,易与已形成的ssDNA杂交进行非特异性扩增,所以我们首先优化浓度较高的上游引,上游引物浓度从0.2~1μmol/L时,产物量无明显变化,当上游引物浓度为0.6μmol/L时有少量副产物,为1μmol/L时有大量副产物生成。因此上游引物浓度在0.2~0.4μmol/L范围内均可。以0.4 μmol/L为上游引物浓度,优化下游引物浓度时,下游引物浓度从0.0025~0.02 μmol/L时产物量逐渐上升且无副产物,因此选择下游引物0.02 μmol/L为最佳浓度。结论:乳液不对称PCR,不需要优化循环数,不会出现常规不对称PCR由过度扩增引起的副产物问题,只需通过简单模板浓度和引物浓度优化,就能得到高质量的ssDNA文库。该法能简单、方便、高效的构建ssDNA文库,用于适配子的筛选对筛选效率提高有一定的帮助。第二部分乳液单引物PCR构建次级ssDNA文库方法的建立及优化目的:建立并优化乳液单引物PCR扩增法构建随机ssDNA文库。方法:构建90 bp的随机寡核苷酸文库,运用乳液PCR扩增出双链DNA文库,再以双链DNA文库为模板,分别用乳液单引物PCR和常规单引物PCR扩增构建ssDNA文库,并进行比较。乳液单引物PCR100μl体系含50mmol/L KCl、10mmol/LTris-HCl(pH8.6),2.5mmol/LMgCl2、0.5mmol/LdNTP、0.75μmol/L上游引物、9 pmol/L模板和0.1 U/μL pfu DNA聚合酶。优化实验时,模板浓度从1 pmol/mL到18 pmol/mL,上游引物浓度从0.5到3 μmol/L,DNA聚合酶浓度从 0.075 U/μL 到 0.175 U/μL,dNTP 浓度从 0.25 到 1.25 mmol/L。反应条件为94 ℃变性30 s,然后进入35个循环94 ℃变性40 s、60 ℃退火30 s、72℃延伸30s,最后延伸3 min。优化退火温度时,温度从50℃到70℃。优化循环数从10到35个循环。结果:乳液PCR可以高质量的把ssDNA转化成dsDNA。常规单引物PCR扩增构建随机ssDNA文库,发现15个循环时就有明显副产物出现,在20个循环时目的产物和副产物已经融合成涂抹带,无法分离;乳液单引物PCR在10~35个循环均无副产物,且产物量明显高于单引物PCR。作为模板的dsDNA在常规单引物PCR扩增过程中随循环数的增加逐渐减少,到25个循环即消失,而乳液单引物PCR的模板量在10~35个扩增循环中无明显减少。在优化乳液单引物PCR时,首先优化模板浓度,当它从18pmol/mL到1pmol/mL时,产物量迅速下降,到1pmol/mL时产物几乎降到0,模板浓度对产物量影响最大。引物浓度对副产物的影响最大,退火温度同时影响产物与副产物的量。酶浓度大于0.1 U/μL出现副产物,dNTP浓度对扩增影响相对较小。结论:乳液单引物PCR构建随机ssDNA文库同样不需要优化循环数,无过度扩增产生的副产物。因为乳液单引物PCR模板为ssDNA通过PCR扩增得到dsDNA,模板量足够,而乳液不对称PCR所用的模板为筛选过程中直接洗脱的ssDNA,所以乳液单引物PCR在模板量的选择上更有优势,因此该法也可高效的构建ssDNA文库。第三部分两步乳液PCR的建立及在结直肠癌患者p16基因甲基化检测中的初步应用目的:建立检测P16基因甲基化的两步乳液PCR方法,并初步应用在结直肠癌患者血清中P16基因甲基化检测。方法:分别构建含甲基化和非甲基化P16基因序列的质粒,转入大肠杆菌DH5α感受态细菌;建立两步乳液PCR方法:(1)油包水乳液PCR:用0.1 ml的反应体系(10 mmol/L KCl、20 mmol/L Tris-HCl (pH 8.8)、0.2 mmol/L MgSO4、16mmol/L(NH4)2SO4、0.1%TritonX-100、0.5mmol/LdNTP、0.2μmol/L引物、4ul菌液模板和0.1 U/μL pfu DNA聚合酶),制备乳液后分装100 μl/管,立即进行PCR扩增。反应条件为94 ℃变性5 min,然后进入15个循环94℃变性30 s、甲基化为69℃ (非甲基化为65℃)退火60s、72℃延伸60s,最后延伸3 min。(2)水包油乳液PCR:油包水乳液PCR扩增结束后,14,000 rpm离心10min,去上层油相,加入33μlPCR反应体系(10mmol/LKCl、20 mmol/L Tris-HCl (pH 8.8)、0.2 mmol/L MgSO4、16mmol/L(NH4)2SO4、0.1%TritonX-100、0.5 mmol/L dNTP、0.4 μmol/L 引物和 0.1 U/μL pfu DNA 聚合酶),充分震荡混匀,制成水包油乳液颗粒,放入PCR仪按上述扩增条件扩增35个循环。分别应用甲基化特异性PCR和两步乳液PCR检测含不同浓度的甲基化和非甲基化P16基因序列的菌液,比较两种方法的特点。分别检测36例结直肠癌患者和25健康体检者血清中p16基因的甲基化情况。结果:灵敏度实验和干扰实验结果显示,两步法乳液PCR比MSP具有更高的灵敏度和更强的抗干扰能力。两步法乳液PCR的检测灵敏度是MSP的10倍。在非甲基化基因的干扰下,两步法乳液PCR能在甲基化与非甲基化比例为1:100的情况下检测出甲基化,而MSP只能在甲基化与非甲基化比例为1:10的情况下检测出甲基化。在检测结直肠癌患者血清中p16基因的甲基化时,两步法乳液PCR的检出率为55.5%,而MSP检出率只有44.4%。结论:两步乳液PCR在检测P16基因甲基化时,表现出较高的灵敏度和抗干扰能力,在临床检测实验中比MSP检出率更高,可应用于临床肿瘤的早期诊断。第四部分两步乳液PCR检测乙型肝炎病毒核酸方法的建立及初步应用目的:建立两步乳液PCR检测乙型肝炎病毒核酸方法,并初步应用于临床。方法:选取乙型肝炎病毒核酸定量检测结果<500 IU/mL的标本78例,应用荧光定量PCR法检测并选取无扩增曲线的标本。再分别用普通PCR和用两步乳液PCR检测乙肝病毒核酸,并用ELISA检测乙肝病毒血清标志物。结果:无扩增曲线的40例中,通过两步乳液PCR有14例(35 %)为阳性,而常规PCR都为阴性。40例标本中有27例为乙型肝炎病毒表面抗原阳性同时e抗原阴性,即临床诊断为非活动性乙型肝炎病毒表面抗原阳性携带者,而这27例中有10例可通过两步乳液PCR检测出乙型肝炎病毒核酸。结论:两步乳液PCR体系较荧光定量PCR有较高的检测灵敏度,能进一步检测定量结果<500 IU/mL的病人血清中是否有乙肝病毒,可作为临床荧光定量PCR的补充检测手段,为临床乙肝的诊疗提供依据。
张磊[7](2015)在《慢性乙肝与携带者血清HBV DNA载量与血清HBeAg的相关性分析》文中研究说明目的了解慢性乙肝与携带者血清HBV DNA病毒载量与血清HBeAg的相关性,为临床诊断和治疗提供依据。方法采用酶联免疫实验和荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)分别检测602例慢性乙型肝炎患者和携带者的血清标志物和HBV DNA载量水平,统计分析血清标志物水平与HBV DNA病毒载量水平的相关性。结果 HBeAg和HBV DNA之间有较好的一致性和相关性,HBsAg+HBeAg+HBcAb+(大三阳)的HBV DNA阳性率及HBV DNA平均含量明显高于HBsAg+HBeAb+HBcAb+(小三阳);且高于其他模式组合。HBeAg阳性慢性乙肝与携带者的HBV DNA载量升高例数均高于HBeAg阴性慢性乙肝与携带者,差异有统计学意义。结论慢性乙肝与携带者血清中HBV DNA载量与HBeAg有很好的相关性,对诊断和治疗有重要的指导意义。
李秀义,高冬梅,潘继文,蔡瑜,温和[8](2014)在《荧光定量PCR检测乙型肝炎病毒DNA的临床价值》文中提出目的:探讨荧光定量PCR(FQ-PCR)检测乙型肝炎病毒(HBV)-DNA的临床意义。方法:采用FQ-PCR检测265例乙型肝炎(乙肝)患者和150名健康体检者的血清HBV-DNA,并将结果与酶联免疫吸附试验测定的乙肝血清标志物进行比较。结果:不同血清标志物模式的各组均可检出HBV-DNA阳性,其中HBsAg、HBeAg、HBcAb阳性组和HBsAg、HBeAg阳性组的HBV-DNA阳性率和病毒拷贝数均显着高于其他血清标志物模式组和对照组(P<0.01)。HBV所致不同疾病类型的HBVDNA阳性率差异均无统计学意义(P>0.05),但急性乙肝病毒拷贝数均明显高于其他疾病(P<0.01)。结论:FQ-PCR检测HBV-DNA可以直接反映是否存在HBV感染,判断病毒的复制能力和传染性,指导临床用药和观察疗效,具有重要的临床意义。
赵俊鹏[9](2014)在《血液病毒核酸检测与酶联免疫检测比较研究》文中研究表明目的:通过对献血者血样进行酶联免疫检测与核酸PCR荧光检测,比较两种检测方法的优缺点,分析血样误检的原因。方法:对唐山市中心血站30315例献血者血样进行HBsAg、HCVAb和HIVAg-Ab二次酶联免疫筛查,酶免阴性和阳性的血样分别在HAMILTON STAR加样仪上实现血液样本汇集,用EZbead System-32核酸提取仪提取样本核酸,以ABI7500荧光定量PCR仪做HBV、HCV和HIV病毒核酸扩增检测,计算酶免检测漏检率,对漏检血样做HBV两对半免疫检测和罗氏病毒含量定量测定,并追踪漏检血样患者。对HBV、HCV、HIV酶免检测和核酸检测的阳性检出率做统计学分析,同时对酶联免疫法实验的相对灵敏度和特异度进行初步确认。结果:在30315份献血者血样中,对29852份献血者二次酶联免疫法筛查及转氨酶和螺旋体检测合格的血样进行核酸检测,发现15份HBV DNA阳性血样,漏检率是0.50‰。对漏检血样进行两对半检测和罗氏定量检测,结果为:HBsAg均为阴性,7份HBsAb阳性,1份HBeAg阳性,7份HBeAb为阳性,11份HBcAb为阳性,其中1份血样HBV罗氏定量为2520IU/mL,Ct值与罗氏定量检测对数值相关系数r=-0.82761。一年后追踪检测9份患者血样,6份酶免检测阳性。HBV酶免检测和核酸检测的阳性检出率是2.78‰和2.21‰,HIV酶免检测和核酸检测的阳性检出率是1.37‰和0.05‰,均存在统计学差异。二次酶联免疫技术的血液筛查初步确认灵敏度是90.07%,特异度是99.95%。结论:1.以病毒PCR磁珠检测与罗氏定量核酸检测确证实验为参照,现行的二次酶联免疫技术的血液筛查存在部分HBV漏检;2.二次酶联免疫技术的血液筛查初步确认相对灵敏度较低,相对特异度较高,有待进一步提高试剂灵敏度,同时减少假阳性结果的出现;3.酶联免疫检测与核酸检测各有优缺点,可以在临床的输血安全检测中互补应用。
范公忍,韩聚强,胡学玲,陈天宝,胡海,曹建彪[10](2013)在《两种核酸提取方法对血清HBV DNA荧光定量检测结果的影响》文中研究表明目的评价两种HBV DNA提取方法对定量检测结果的影响。方法 178例临床诊断为慢性乙型肝炎患者的血清样本分别采用磁珠法和煮沸法提取HBV DNA,经荧光定量PCR方法平行检测HBV DNA载量,比较两种提取方法检测结果的准确性、灵敏度及特异性;对两种方法检测结果不一致的样本采用罗氏公司COBAS试剂作标准进行复检,比较两种提取方法同COBAS试剂检测结果的相关性。结果 178例血清样本用两种方法提取DNA荧光定量PCR检测结果均阳性67例(37.6%),均阴性97例(54.5%);14例磁珠法检测阳性、而煮沸法检测结果阴性(7.9%)。经统计学分析两种提取方法检测结果具有显着性差异(χ2=7.22,P<0.05)。比较磁珠法提取样本PCR与罗氏COBAS试剂的定量结果具有很好一致性(r=0.936,P<0.01)。结论磁珠法提取核酸检测结果比传统的煮沸法结果显示出较好的线性范围和准确性;通过该提取方法可使全部核酸样本参与到PCR反应过程中,最大限度地减少了核酸丢失,结果准确性高、敏感性好,对于监测乙型肝炎患者血液中低载量HBV DNA水平具有重要意义。
二、荧光定量PCR检测血清HBV DNA910例临床分析(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、荧光定量PCR检测血清HBV DNA910例临床分析(论文提纲范文)
(1)青藏高原藏族人群乙型肝炎病毒全基因组突变分析及时空动力学研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
ABSTRACT |
英文缩略语表 |
前言 |
第一部分 青藏高原藏族人群HBV基因序列分析 |
一、材料与方法 |
1.样本来源 |
2.引物及扩增条件 |
3.主要试剂、耗材及生产厂家 |
4.主要仪器设备及生产厂家 |
5.HBV生物信息学分析主要软件 |
6.实验方法 |
7.HBV荧光定量PCR检测 |
8.生物信息学分析方法 |
9.统计分析 |
10.质量控制 |
二、结果 |
1.青藏高原藏族人群血清HBV全序列扩增结果 |
2.HBV DNA全长序列分型分析 |
3.青藏地区HBV/CD重组体不同区段系统发育分析结果 |
4.青藏高原藏族人群全长序列基本信息及地理分布 |
5.HBV/CD重组体全序列基因变异分析结果 |
6.HBV血清型分析结果 |
三、讨论 |
四、小结 |
第二部分 HBV/CD重组型表面抗原抗体双阳性研究 |
一、材料与方法 |
1.样本来源 |
2.DNA序列拼接与分析 |
3.HBV荧光定量PCR检测 |
4.统计分析 |
二、结果 |
1.HBsAg和HBsAb双阳性的发生率 |
2.双阳性组和对照组的基本信息 |
3.PreS/S区氨基酸突变率分析结果 |
4.全序列核苷酸和氨基酸突变位点分析结果 |
三、讨论 |
四、小结 |
第三部分 HBV/CD重组体时空动力学分析 |
一、材料与方法 |
1.HBV全长基因序列数据库构建 |
2.数据库内序列的基因型和重组分析 |
3.用于时空动态分析的主要工具和软件 |
4.时空动态分析方法 |
5.统计分析 |
二、结果 |
1.HBV全长基因序列数据库构建情况 |
2.HBV D基因片段tMRCA分析结果 |
3.HBVC基因片段tMRCA分析结果 |
4.HBV/CD1重组体tMRCA及种群动态分析结果 |
5.HBV/CD2重组体tMRCA及种群动态分析结果 |
6.HBVC基因型和D基因型时空动态分析结果 |
三、讨论 |
四、小结 |
全文小结与展望 |
参考文献 |
综述 乙肝病毒感染者血清表面抗原表面HBsAg/HBsAb双阳性研究进展 |
参考文献 |
在读期间发表文章 |
致谢 |
(2)云南地区少数民族中HBV的流行和HBV pgRNA检测方法的建立与评价(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
英文缩写词表 |
第一章 绪论 |
1.1 乙型肝炎 |
1.2 HBV传播方式 |
1.3 HBV的基因组和生命周期 |
1.3.1 HBV的复制与转录 |
1.4 HBV基因分型与重组变异 |
1.5 HBV基因型地理分布情况 |
1.5.1 HBV基因型在世界的流行 |
1.5.2 HBV基因型在中国的流行 |
1.5.3 HBV基因型在云南的流行 |
1.6 国内外不同种族/民族基因型流行现状 |
1.6.1 全球不同种族乙型肝炎流行现状 |
1.6.2 中国不同民族乙型肝炎流行现状 |
1.6.3 HBV在云南各少数民族的流行 |
1.7 乙型病毒性肝炎的治疗 |
1.7.1 乙型肝炎的治疗现状 |
1.7.2 乙肝治疗的新型血清标志物HBV PgRNA |
1.8 研究的目的和意义 |
1.9 研究的技术路线 |
第二章 云南地区HBV在少数民族中的流行 |
2.1 引言 |
2.2 材料与方法 |
2.2.1 研究对象 |
2.2.2 实验试剂 |
2.2.3 主要的仪器与设备 |
2.3 实验方法 |
2.3.1 乙肝表面抗原(HBs Ag)ELISA检测 |
2.3.2 病毒DNA核酸提取 |
2.3.3 引物设计与样本巢式PCR扩增 |
2.3.4 琼脂糖凝胶电泳检测 |
2.3.5 琼脂糖凝胶DNA回收 |
2.3.6 送测序 |
2.3.7 双峰样品TA克隆 |
2.3.8 菌落PCR |
2.3.9 数据分析 |
2.4 实验结果 |
2.4.1 云南省HBV的流行病学 |
2.4.2 部分受试样本乙型肝炎表面抗原检测阳性结果 |
2.4.3 受试者临床生化分析 |
2.4.4 HBV部分基因组序列扩增结果及测序分析 |
2.4.5 HBV部分基因组序列的系统发育分析 |
2.4.6 云南省HBV基因型在少数民族中的流行分布情况 |
2.5 讨论 |
2.5.1 HBV基因分型 |
2.5.2 HBV在云南地区少数民族中的分布 |
2.6 小结 |
第三章 HBV基因组全长扩增 |
3.1 引言 |
3.2 实验对象 |
3.3 实验方法 |
3.3.1 引物设计 |
3.3.2 巢式PCR扩增 |
3.3.3 测序 |
3.3.4 数据分析 |
3.4 实验结果 |
3.4.1 HBV基因组序列全长扩增结果及测序分析 |
3.4.2 基于全长HBV基因组序列的重组分析 |
3.4.3 毒株YNKM91 的全长HBV基因组序列的系统发育和重组分析 |
3.4.4 HBV B/I重组毒株(YNKM91)的子区域进化树 |
3.4.5 HBV基因型重组序列的重组片段和断点位置分析 |
3.4.6 新型HBV亚型C17的全长基因组序列分析 |
3.4.7 新型HBV亚型C17的全长基因组耐药突变分析 |
3.4.8 HBV新亚型B10全长基因组序列分析 |
3.4.9 新型HBV亚型B10的全长基因组耐药突变分析 |
3.5 讨论 |
3.5.1 HBV新亚型的鉴定与命名 |
3.5.2 HBV重组分析 |
3.5.3 HBV耐药突变分析 |
3.6 小结 |
第四章 HBV PgRNA定量检测方法的建立及应用 |
4.1 引言 |
4.2 材料与方法 |
4.2.1 实验对象 |
4.2.2 实验试剂 |
4.2.3 主要实验仪器 |
4.2.4 主要的数据分析方法 |
4.3 引物设计 |
4.3.1 普通PCR引物设计 |
4.3.2 荧光定量PCR引物和探针的设计 |
4.4 实验方法 |
4.4.1 样品准备 |
4.4.2 样品RNA提取 |
4.4.3 PCR扩增HBV PgRNA目的片段 |
4.4.4 PCR电泳检测 |
4.4.5 目的片段和质粒载体片段双酶切 |
4.4.6 PCR产物及质粒载体的纯化 |
4.4.7 送测序 |
4.4.8 PET32a-PgRNA质粒的构建 |
4.5 阳性重组质粒的提取 |
4.6 质粒酶切验证和测序验证 |
4.6.1 重组阳性质粒双酶切验证 |
4.7 HBV PGRNA产物体外转录及纯化 |
4.7.1 HBV PgRNA产物体外转录 |
4.7.2 HBV PgRNA体外转录产物的纯化 |
4.8 荧光定量PCR反应条件的建立 |
4.9 荧光定量PCR的反应体系和反应条件 |
4.10 结果 |
4.10.1 阳性质控品的构建 |
4.10.2 Taq_Man的灵敏性实验 |
4.10.3 Taq_Man的重复性实验 |
4.10.4 Taq_Man的特异性实验 |
4.10.5 两种HBV pgRNA检测方法的评价 |
4.10.6 临床样本的检测 |
4.11 讨论 |
4.11.1 Taq Man探针法的灵敏性、特异性和重复性的评价 |
4.11.2 临床样本的检测结果评价 |
4.12 小结 |
第五章 总结与展望 |
致谢 |
参考文献 |
附录A 攻读硕士期间发表论文目录 |
(3)应用HBcAb阳性供肝的儿童肝移植受者术后新发乙肝风险及预防方案的研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
Abstract |
缩略语/符号说明 |
前言 |
研究现状、成果 |
研究目的、方法 |
一、乙肝病毒核心抗体阳性供肝应用于儿童亲体肝移植受者的危险因素分析 |
1.1 对象和方法 |
1.1.1 供受者资料 |
1.1.2 实验材料 |
1.1.3 血清学及病毒学测 |
1.1.4 肝脏组织HBV-DNA及HBV cccDNA的检测 |
1.1.5 肝脏组织活检及HBsAg检测 |
1.1.6 HBV-YMDD测序分析 |
1.1.7 新发HBV感染标准 |
1.1.8 统计学方法 |
1.2 结果 |
1.2.1 一般资料 |
1.2.2 根据供者HBcAb检测结果进行分组 |
1.2.3 供者HBcAb阳性组及阴性组术后新发HBV感染情况 |
1.2.4 HBV cccDNA与受者新发HBV感染的关系 |
1.2.5 新发HBV感染的危险因素分析 |
1.2.6 供者血清HBcAb(+)与供肝组织HBV cccDNA(+)相关性分析 |
1.2.7 儿童受者新发HBV感染的诊断、治疗及结局 |
1.3 讨论 |
1.3.1 应用HBcAb阳性供肝对儿童肝移植的必要性 |
1.3.2 应用HBcAb阳性供肝的受者新发HBV感染的风险性 |
1.3.3 应用HBcAb阳性供肝受者新发HBV感染的机制 |
1.3.4 应用HBcAb阳性供肝儿童受体术后新发HBV感染的预防治疗 |
1.4 小结 |
二、乙肝疫苗主动免疫治疗方案预防HBcAb阳性供肝儿童肝移植术后新发HBV感染的研究 |
2.1 对象和方法 |
2.1.1 实验对象 |
2.1.2 实验材料 |
2.1.3 实验方法 |
2.2 结果 |
2.2.1 乙肝疫苗主动免疫预防方案的一般情况 |
2.2.2 供受者特征对乙肝疫苗主动免疫预防术后新发HBV的影响 |
2.2.3 受者手术情况对乙肝疫苗主动免疫预防术后新发HBV的影响 |
2.2.4 受者术后HBsAb滴度下降速度对乙肝疫苗预防术后新发HBV的影响 |
2.2.5 术后并发症对乙肝疫苗主动免疫预防术后新发HBV的影响 |
2.2.6 影响乙肝疫苗主动免疫预防儿童肝移植术后新发HBV的因素 |
2.2.7 新发HBV感染案例的特点及诊断、治疗 |
2.2.8 儿童肝移植受者术后HBsAb滴度变化的影响因素 |
2.3 讨论 |
2.3.1 应用乙肝疫苗主动免疫预防儿童肝移植术后新发HBV的意义 |
2.3.2 乙肝疫苗主动免疫的方案及效果 |
2.3.3 肝移植术后HBsAb滴度变化速度的影响 |
2.3.4 影响乙肝疫苗主动免疫预防儿童肝移植术后新发HBV的因素 |
2.4 小结 |
三、儿童受者强化乙肝疫苗方案反应差异性分析 |
3.1 对象和方法 |
3.1.1 实验对象 |
3.1.2 实验材料 |
3.1.3 实验方法 |
3.2 结果 |
3.2.1 乙肝疫苗反应强度分组情况及各组受者的特征 |
3.2.2 受者NK细胞比例对乙肝疫苗反应强度的影响 |
3.2.3 受者NK细胞的功能对乙肝疫苗反应强度的影响 |
3.2.4 NK细胞中模式识别受体信号通路对乙肝疫苗反应强度的影响 |
3.2.5 受者血清中细胞因子IL-2和IFN-γ含量对乙肝疫苗反应速度的作用 |
3.3 讨论 |
3.3.1 研究影响乙肝疫苗反应强度因素的必要性 |
3.3.2 影响强化乙肝疫苗方案反应强度的机制 |
3.4 小结 |
全文结论 |
论文创新点 |
参考文献 |
附录 |
综述 乙肝疫苗和乙肝免疫球蛋白研究进展 |
综述参考文献 |
致谢 |
个人简历 |
(4)国产试剂与Roche试剂HBV DNA荧光定量PCR检测方法的精度比较(论文提纲范文)
英文缩略语 |
中文摘要 |
Abstract |
前言 |
实验方法 |
结果 |
讨论 |
结论 |
参考文献 |
附录 个人简历 |
致谢 |
综述 慢性乙型肝炎的病毒学检测及预后 |
参考文献 |
(5)基于CRISPR技术的乙肝病毒DNA及YMDD耐药突变高灵敏检测技术研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
前言 |
一、研发针对乙肝病毒DNA的高灵敏检测技术对乙肝的防治至关重要 |
1.1 乙肝的流行概况 |
1.2 高灵敏HBV DNA检测的临床意义 |
1.3 现有HBV DNA检测技术仍存在诸多不足 |
二、研发针对乙肝病毒耐药突变的早期检测技术是实现精准治疗的关键 |
2.1 乙肝病毒耐药概述 |
2.2 高灵敏检测乙肝耐药突变的重要性 |
2.3 现有的乙肝病毒耐药突变检测技术仍存在诸多不足 |
三、CRISPR-Cas13a系统可用于核酸的高灵敏、高特异性检测 |
3.1 CRISPR-Cas13a系统简介 |
3.2 CRISPR-Cas13a系统在核酸检测技术中的应用 |
3.3 本文研究 |
第一章 基于CRISPR-Cas13a系统的高灵敏度HBV DNA检测方法的建立 |
1.1 实验材料 |
1.1.1 质粒载体与细胞系 |
1.1.2 主要试剂 |
1.1.3 主要仪器 |
1.2 实验方法 |
1.2.1 Lw Cas13a蛋白的诱导表达 |
1.2.2 Lw Cas13a蛋白的纯化 |
1.2.3 Lw Cas13a蛋白的Western Blot鉴定 |
1.2.4 Lw Cas13a蛋白的活性检测 |
1.2.5 基于PCR和 CRISPR的HBV DNA检测方法的建立 |
1.2.6 数据分析 |
1.3 结果 |
1.3.1 Lw Cas13a蛋白电泳鉴定 |
1.3.2 Lw Cas13a蛋白的Western Blot检测 |
1.3.3 Lw Cas13a蛋白活性检测 |
1.3.4 CRSPR-LwCas13a结合PCR的PCR-CRISPR检测方法的建立 |
1.4 讨论 |
1.5 本章小结 |
第二章 基于PCR-CRISPR方法的血清样本HBV DNA的高灵敏检测 |
2.1 实验材料 |
2.1.1 血清样本 |
2.1.2 质粒及引物 |
2.1.3 主要试剂 |
2.1.4 主要仪器 |
2.2 实验方法 |
2.2.1 血清样本核酸提取 |
2.2.2 血清样本HBV DNA的PCR-CRISPR检测 |
2.2.3 血清样本HBV DNA的qPCR检测 |
2.2.4 血清样本HBV DNA的ddPCR检测 |
2.2.5 数据分析 |
2.3 结果 |
2.3.1 临床信息已知的血清样本HBV DNA的检测 |
2.3.2 临床信息未知的血清样本HBV DNA的检测及与qPCR的比较 |
2.3.3 血清样本HBV DNA的ddPCR验证 |
2.3.4 PCR-CRISPR与ddPCR检测HBV DNA的结果比较 |
2.4 讨论 |
2.5 本章小结 |
第三章 基于CRISPR-Cas13a系统的乙肝病毒YMDD耐药突变检测方法的建立 |
3.1 实验材料 |
3.1.1 质粒 |
3.1.2 主要试剂 |
3.1.3 主要仪器 |
3.2 实验方法 |
3.2.1 乙肝病毒YMDD耐药突变检测方法的设计 |
3.2.2 YMDD区基因序列分析及耐药突变质粒的构建 |
3.2.3 YVDD和YIDD耐药突变crRNA的设计 |
3.2.4 YVDD和YIDD耐药突变crRNA的特异性检测 |
3.2.5 YMDD耐药突变的灵敏度检测 |
3.3 结果 |
3.3.1 .YMDD突变区序列的保守性分析 |
3.3.2 YVDD和YIDD耐药突变crRNA的设计效果 |
3.3.3 YMDD突变检测的灵敏度 |
3.4 讨论 |
3.5 本章小结 |
第四章 基于PCR-CRISPR方法的血清样本乙肝病毒YMDD耐药突变的检测 |
4.1 实验材料 |
4.1.1 血清样本 |
4.1.2 主要试剂 |
4.1.3 主要仪器 |
4.2 实验方法 |
4.2.1 血清样本核酸提取 |
4.2.2 直接测序法检测血清样本中的YMDD突变 |
4.2.3 qPCR法检测血清样本中的YMDD突变 |
4.2.4 PCR-CRISPR检测血清样本中的YMDD突变 |
4.2.5 PCR-CRISPR检测血清样本YMDD突变的效果评价 |
4.3 结果 |
4.3.1 血清样本YVDD突变检测 |
4.3.2 血清样本YIDD突变检测 |
4.3.4 血清样本YMDD突变的测序验证 |
4.3.5 PCR-CRISPR检测血清样本YMDD突变的效果评价 |
4.4 讨论 |
4.5 本章小结 |
第五章 结论与展望 |
参考文献 |
附录A HBV DNA靶点序列保守性分析结果 |
附录B 280份血清样本基本信息 |
附录C 用于突变检测的144份血清样本基本信息 |
作者在学期间取得的学术成果 |
主要简历 |
致谢 |
(6)乳液PCR技术在构建ssDNA文库和P16基因甲基化、HBV DNA检测中的初步应用(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
第一章 绪论 |
1.1 乳状液 |
1.2 乳液PCR |
1.2.1 PCR发展史 |
1.2.2 乳液PCR的建立 |
1.2.3 乳液PCR的应用 |
1.2.4 乳液PCR的特性 |
1.3 适配子筛选中次级文库构建方法 |
1.3.1 DNA次级文库在适配子筛选中作用 |
1.3.2 次级文库构建方法 |
1.3.3 总结 |
1.4 p16基因甲基化检测 |
1.4.1 p16基因概述 |
1.4.2 甲基化检测方法 |
1.5 乙型肝炎病毒检测 |
1.5.1 乙肝现状 |
1.5.2 乙型肝炎病毒检测方法 |
1.6 本课题的研究思路 |
1.6.1 研究目的 |
1.6.2 研究方法 |
1.6.3 试验设计 |
1.6.4 研究意义 |
第二章 建立和优化乳液不对称PCR高效构建随机ssDNA文库 |
2.1 实验仪器和材料 |
2.1.1 实验仪器 |
2.1.2 实验材料 |
2.1.3 实验试剂 |
2.1.4 主要溶液配制 |
2.2 实验方法 |
2.2.1 引物和随机ssDNA文库 |
2.2.2 乳液的制作 |
2.2.3 乳液不对称PCR |
2.2.4 常规不对称PCR |
2.2.5 破乳液回收PCR产物 |
2.2.6 PCR产物纯化回收 |
2.2.7 磁珠纯化回收ssDNA |
2.2.8 变性聚丙烯酰胺胶电泳 |
2.3 实验结果 |
2.3.1 乳液颗粒制备 |
2.3.2 乳液-不对称PCR与常规不对称PCR比较 |
2.3.3 乳液-不对称PCR优化 |
2.4 讨论 |
第三章 乳液单引物PCR构建次级ssDNA文库方法的建立及优化 |
3.1 实验仪器和材料 |
3.1.1 实验仪器 |
3.1.2 实验材料 |
3.1.3 实验试剂 |
3.1.4 主要溶液配制 |
3.2 实验方法 |
3.2.1 引物和随机ssDNA文库 |
3.2.2 乳液的制作 |
3.2.3 乳液PCR |
3.2.4 常规单引物PCR |
3.2.5 乳液单引物PCR |
3.2.6 破乳液回收PCR产物 |
3.2.7 PCR产物纯化回收 |
3.2.8 PCR产物分析 |
3.3 实验结果 |
3.3.1 乳液PCR扩增随机ssDNA文库 |
3.3.2 乳液单引物PCR与常规单引物PCR比较 |
3.3.3 乳液单引物PCR优化 |
3.4 讨论 |
第四章 两步乳液PCR的建立及在结直肠癌患者p16基因甲基化检测中的初步应用 |
4.1 实验仪器和材料 |
4.1.1 实验仪器 |
4.1.2 实验材料 |
4.1.3 实验试剂 |
4.1.4 主要溶液配制 |
4.2 实验方法 |
4.2.1 标准人基因组DNA的CpG甲基转移酶修饰 |
4.2.2 血清中游离DNA纯化回收 |
4.2.3 DNA重亚硫酸盐转化及纯化回收 |
4.2.4 引物设计 |
4.2.5 甲基化特异性PCR (MSP) |
4.2.6 琼脂糖电泳 |
4.2.7 目的条带胶回收纯化 |
4.2.8 质粒构建及鉴定 |
4.2.9 两步乳液PCR: |
4.2.10 乳液PCR和甲基化特异性PCR比较 |
4.2.11 两步乳液PCR和甲基化特异性PCR检测P16基因甲基化抗干扰力比较 |
4.2.12 临床标本检测率的比较 |
4.2.13 统计学方法 |
4.3 结果 |
4.3.1 P16甲基化质粒的测序结果 |
4.3.2 灵敏度对比较 |
4.3.3 抗干扰力比较 |
4.3.4 临床标本检测率的比较 |
4.4 讨论 |
第五章 两步乳液PCR检测乙型肝炎病毒核酸方法的建立及初步应用 |
5.1 实验仪器和材料 |
5.1.1 实验仪器 |
5.1.2 实验材料 |
5.1.3 实验试剂 |
5.1.4 主要溶液配制 |
5.2 实验方法 |
5.2.1 标本来源 |
5.2.2 核酸提取 |
5.2.3 荧光定量PCR |
5.2.4 ELISA检测HBsAg、HBsAb、HBeAg、HBeAb和HBcAb |
5.2.5 普通PCR |
5.2.6 两步乳液PCR体系(图5.1) |
5.2.7 琼脂糖电泳 |
5.2.8 灵敏度分析 |
5.2.9 统计学方法 |
5.3 结果 |
5.3.1 普通PCR扩增与两步乳液PCR扩增对比 |
5.3.2 统计分析 |
5.4 讨论 |
第六章 结论与展望 |
6.1 结论 |
6.2 展望 |
参考文献 |
致谢 |
攻读博士学位期间发表的文章 |
(7)慢性乙肝与携带者血清HBV DNA载量与血清HBeAg的相关性分析(论文提纲范文)
材料与方法 |
1标本来源 |
2试剂与方法 |
3结果判断 |
4统计学处理 |
结果 |
讨论 |
(8)荧光定量PCR检测乙型肝炎病毒DNA的临床价值(论文提纲范文)
1 资料与方法 |
1.1 一般资料 |
1.2 仪器和试剂 |
1.3 方法 |
1.3.1 FQ-PCR |
1.3.2 ELISA |
1.4 统计学方法 |
2 结果 |
2.1 乙肝患者HBV-DNA检测比较 |
2.2 不同疾病类型HBV-DNA检测比较 |
3 讨论 |
(9)血液病毒核酸检测与酶联免疫检测比较研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
英文缩略表 |
引言 |
第1章 实验研究 |
1.1 实验仪器、材料和试剂 |
1.1.1 实验仪器 |
1.1.2 实验材料 |
1.1.3 实验试剂 |
1.2 实验标本采集和汇集 |
1.2.1 血液标本采集 |
1.2.2 血液样本核酸检测汇集 |
1.3 实验检测原理和流程 |
1.3.1 实验检测原理 |
1.3.2 实验检测流程 |
1.3.3 实验数据分析 |
1.4 结果 |
1.4.1 实验结果汇总图 |
1.4.2 酶免检测漏检率计算 |
1.4.3 乙肝两对半免疫检测及 HBV 定量检测和 CT 值与罗氏定量对数值相关性分析 |
1.4.4 追踪 |
1.4.5 核酸检测与酶免检测的χ2检验;酶免检测相对灵敏度和特异度 |
1.5 讨论 |
1.5.1 酶免检测和核酸检测比较研究意义 |
1.5.2 实验结果分析 |
1.5.3 酶免检测技术与 NAT 检测技术应用前景与展望 |
1.6 结论 |
参考文献 |
第2章 综述 |
2.1 核酸检测的重要意义 |
2.2 HBV 检测 |
2.2.1 HBV 酶免检测与核酸检测比较意义 |
2.2.2 各地区 HBV 酶免检测与核酸检测概况 |
2.3 HCV 检测 |
2.3.1 HCV 酶联免疫与核酸检测比较意义 |
2.3.2 各地区 HCV 酶免检测与核酸检测概况 |
2.4 HIV 检测 |
2.4.1 HIV 酶免检测与核酸检测比较意义 |
2.4.2 各地区 HIV 酶免检测与核酸检测概况 |
2.5 小结 |
2.5.1 NAT 检测原理及用于血液筛查的意义 |
2.5.2 NAT 血液筛查面临的问题及发展方向 |
参考文献 |
致谢 |
导师简介 |
作者简介 |
学位论文数据集 |
(10)两种核酸提取方法对血清HBV DNA荧光定量检测结果的影响(论文提纲范文)
1 材料与方法 |
1.1 标本来源 |
1.2 仪器与试剂 |
1.3 实验方法 |
1.3.1 核酸提取方法 |
1.3.2 实时荧光定量PCR法检测HBV DNA |
1.3.4 COBAS试剂复核结果 |
1.4 统计学处理 |
2 结果 |
2.1 两种HBV DNA提取方法检测结果比较 |
2.2 两种提取方法检测结果一致性比较 |
2.3 磁珠法与COBAS检测结果比较 |
3 讨论 |
四、荧光定量PCR检测血清HBV DNA910例临床分析(论文参考文献)
- [1]青藏高原藏族人群乙型肝炎病毒全基因组突变分析及时空动力学研究[D]. 刘贺. 中国疾病预防控制中心, 2020(02)
- [2]云南地区少数民族中HBV的流行和HBV pgRNA检测方法的建立与评价[D]. 刘莹. 昆明理工大学, 2020(05)
- [3]应用HBcAb阳性供肝的儿童肝移植受者术后新发乙肝风险及预防方案的研究[D]. 董冲. 天津医科大学, 2020(06)
- [4]国产试剂与Roche试剂HBV DNA荧光定量PCR检测方法的精度比较[D]. 巫智勇. 安徽医科大学, 2020(02)
- [5]基于CRISPR技术的乙肝病毒DNA及YMDD耐药突变高灵敏检测技术研究[D]. 王珊. 军事科学院, 2019(09)
- [6]乳液PCR技术在构建ssDNA文库和P16基因甲基化、HBV DNA检测中的初步应用[D]. 邵可可. 江苏大学, 2017(01)
- [7]慢性乙肝与携带者血清HBV DNA载量与血清HBeAg的相关性分析[J]. 张磊. 临床输血与检验, 2015(03)
- [8]荧光定量PCR检测乙型肝炎病毒DNA的临床价值[J]. 李秀义,高冬梅,潘继文,蔡瑜,温和. 蚌埠医学院学报, 2014(06)
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